Hầu hết các hệ thống PKI quy mô doanh nghiệp đều dựa trên các chuỗi chứng thực để xác thực các thực thể. Chứng thực của người dùng sẽ được một nhà cung cấp chứng thực số cấp, đến lượt nhà cung cấp này lại có chứng thực được một nhà cung cấp khác ở cấp cao hơn tạo ra... Hệ thống sẽ bao gồm nhiều máy tính thuộc nhiều tổ chức khác nhau với các gói phần mềm tương thích từ nhiều nguồn khác nhau. Vì vậy, các tiêu chuẩn là yếu tố rất quan trọng đối với hoạt động của các PKI. Hầu hết các tiêu chuẩn về PKI hiện tại được soạn thảo bởi nhóm làm việc PKIX của IETF.

Các hệ thống PKI doanh nghiệp thường được tổ chức theo mô hình danh bạ trong đó khóa công khai của mỗi người dùng được lưu trữ (bên trong các chứng thực số) kèm với các thông tin cá nhân (số điện thoại, email, địa chỉ, nơi làm việc...). Hiện nay, công nghệ danh bạ tiên tiến nhất là LDAP và định dạng chứng thực phổ biến nhất (X.509) cũng được phát triển từ mô hình tiền nhiệm của LDAP (X.500).